Premetto che qui si parla del libro e non del film. Di seguito la trama completa piena di spoiler come se piovessero.
Thomas si risveglia in un posto sconosciuto di fronte a facce sconosciute. Non ricorda nulla del suo passato e non sa nemmeno chi sia. Come i ragazzi che sono lì da ormai due anni e che devono lottare ogni giorno per risolvere l'enigma in cui sono stati catapultati: un enorme, gigantesco labirinto il cui percorso cambia ogni notte. Inoltre il labirinto ogni notte è popolato dai Dolenti: creature in parte meccaniche in grado di uccidere e iniettare veleno che provoca strane reazioni fisiche e psichiche. I ragazzi, di giorno, vivono nella Radura e ognuno svolge il suo compito come in una piccola comunità: ci sono agricoltori, cuochi, macellai, persino medici. Poi, ruolo più importante, solo per pochi eletti: i Velocisti. Cioè quelli che all'apertura delle porte del labirinto corrono per esplorarlo il più possibile cercando di trovare un modo per uscirne. Ma di notte le porte si chiudono e arrivano le creature a "difenderlo". Thomas, nonostante sia l'ultimo arrivato, dimostra di avere le capacità fisiche e mentali per essere uno dei Velocisti. Questo crea scompiglio tra gli abitanti della Radura: c'è chi lo idolatra, chi invece pensa nasconda qualcosa. Qualche dubbio viene anche a lui perché è in grado di comunicare telepaticamente con Teresa, l'ultima arrivata, e, tra l'altro, unica componente femminile. Per scoprire la verità, lo stesso Thomas decide di farsi iniettare il veleno dei Dolenti che ha come "effetto collaterale" quello di risvegliare parzialmente la memoria. E Thomas ricorda:
il labirinto è un esperimento a cui lui ha preso parte sin dall'inizio insieme a Teresa. Il labirinto non ha soluzione. È un codice nascosto nei movimenti delle sue stesse mura, codice che inserito in un computer all'interno della tana dei Dolenti potrà farli uscire tutti di lì. I nostri così fanno. Vengono prelevati e messi al sicuro. Lo scopo di tutto questo? Il mondo è stato devastato da eruzioni solari senza precedenti, oltre a rendere il mondo una landa desolata hanno causato una misteriosa malattia. Degli scienziati hanno scelto, tra i tanti adolescenti rimasti orfani, coloro che hanno poi preso parte alla prova del labirinto. Una prova, ecco cos'è il labirinto. Una prova per selezionare i migliori. Thomas e gli altri, adesso, sono pronti per affrontare la vera minaccia. Forse.